Το κόστος λειτουργίας των  υδροηλεκτρικών εργοστάσιων είναι σχετικά μικρό.
Στο συνολικό κόστος όμως, πρέπει να περιλάβουμε και το αρχικό κόστος κατασκευής. Αυτό περιλαμβάνει το κόστος κατασκευής του φράγματος και της γης που καταλαμβάνει η τεχνητή λίμνη που θα δημιουργηθεί. Πολλά από τα μεγάλα φράγματα εξυπηρετούν πολλαπλούς σκοπούς δηλαδή εκτός από την παραγωγή ηλεκτρικού ρεύματος,  ελέγχουν τη ροή και τη χρήση του νερού. Το νερό μετά το γύρισμα της τουρμπίνας χρησιμοποιείται για άρδευση (πότισμα) ή για υδροδότηση πόλεων.
Αν η κατασκευή του φράγματος μελετηθεί και το νερό που φεύγει από τη γεννήτρια χρησιμοποιείται (πωλείται) για κάποιο άλλο σκοπό, το κόστος της ηλεκτρικής ενέργειας που παράγεται είναι χαμηλό.