Τα μόρια των χημικών ενώσεων αποτελούνται από άτομα 2 ή περισσότερων διαφορετικών στοιχείων. Τα άτομα αυτά συγκρατούνται στο μόριο της χημικής ένωσης με ηλεκτροστατικές δυνάμεις Van der Waals.
Η αποθηκευμένη, εξ αιτίας των δυνάμεων αυτών, ενέργεια στη χημική ένωση ονομάζεται χημική ενέργεια.
Μηχανισμός: Τα μόρια μιας χημικής ένωσης μπορεί να αντιδράσουν με τα μόρια μιας άλλης χημικής ένωσης ή και με απλά στοιχεία (όπως λ.χ. το οξυγόνο), σχηματίζοντας νέες χημικές ενώσεις. Για να ξεκινήσει μια χημική αντίδραση χρειάζεται συνήθως να προσφέρουμε κάποια ενέργεια, ώστε να σπάσουν οι χημικοί δεσμοί που συγκρατούν τα μόρια των αρχικών ενώσεων δεμένα. Στη συνέχεια, όταν σχηματίζονται τα καινούρια μόρια, απελευθερώνεται ενέργεια. Αν η ενέργεια (συνήθως θερμότητα), που χρειάζεται για να σπάσουν οι δεσμοί των ατόμων, είναι περισσότερη από αυτή που αποδίδεται όταν σχηματίζονται τα καινούρια άτομα, η αντίδραση είναι ενδόθερμη. (Για να γίνει, δηλαδή, η αντίδραση απορροφάται ενέργεια.) Έχουμε δηλαδή μετατροπή της θερμικής ενέργειας σε χημική.
Τα μόρια της χημικής ένωσης που προκύπτει έχουν αποθηκευμένη στα μόριά τους περισσότερη χημική ενέργεια από την αρχική. Παράδειγμα, ενδόθερμων χημικών αντιδράσεων είναι οι αντιδράσεις που πραγματοποιούνται στην παρασκευή των λιπασμάτων.