H υδροηλεκτρική ενέργεια δεν προκαλεί σοβαρά προβλήματα στο περιβάλλον, μπορούμε όμως να αναφέρουμε τα εξής:
- Το ποτάμι σταματάει στο φράγμα. Από εκεί και πέρα δεν υπάρχει πια ποτάμι. Kάποια ψάρια που ανέβαιναν στις πηγές του ποταμού για να πολλαπλασιαστούν δεν μπορούν να το κάνουν.
- Για να λειτουργήσει το υδροηλεκτρικό εργοστάσιο ουσιαστικά δημιουργούμε μια τεχνητή λίμνη. Δηλαδή μια περιοχή που ήταν καλλιεργήσιμη έκταση καλύπτεται με νερό.