Ο ανεμόμυλος έχει μειονεκτήματα σε σχέση με τον υδρόμυλο.
1. Ο άνεμος φυσάει από διαφορετικές κατευθύνσεις ενώ κάποιες μέρες έχει άπνοια (δεν φυσάει καθόλου). Ο ανεμόμυλος πρέπει, άρα, να μπορεί να περιστρέφεται ώστε να ακολουθεί τη διεύθυνση του ανέμου. Στους πρώτους ανεμόμυλους όλο το μηχανικό μέρος στηριζόταν σε έναν κατακόρυφο άξονα ώστε να μπορεί να περιστραφεί.
Στη φωτογραφία διακρίνονται α) η βάση κατακόρυφος άξονας περιστροφής και β) ένα μακρύ ξύλο στο οποίο έδεναν τα ζώα που χρησιμοποιούσαν για να περιστρέψουν τον ανεμόμυλο.
Η περιστροφή ήταν μια δύσκολη διαδικασία. Με την πάροδο του χρόνου έγιναν πολλές βελτιώσεις έτσι ώστε να περιστρέφεται τμήμα μόνο του μηχανισμού, κάτι που ήταν πιο εύκολο.
2. Η ταχύτητα του ανέμου δεν είναι σταθερή. Σε μεγάλες ταχύτητες τα φτερά έσπαγαν. Για να ελέγξουν την ταχύτητα περιστροφής, στο εξωτερικό μέρος της φτερωτής, έβαζαν πανιά ή σανίδες τα οποία και αφαιρούσαν όταν φυσούσε πολύ (έτσι η φτερωτή γινόταν μικρότερης διαμέτρου ή μικρότερης επιφάνειας).
Στην φωτογραφία φαίνεται καλυμμένο με ξύλα ένα μέρος της φτερωτής και ανοιχτό το υπόλοιπο.
Ο ανεμόμυλος έχει και ένα πλεονέκτημα σε σχέση με τον υδρόμυλο. Δεν χρειάζεται συνεχή ροή νερού για να κινηθεί. Έτσι σε περιοχές με λίγο νερό όπως τα Ελληνικά νησιά, όπου το νερό είναι λίγο αλλά συνήθως φυσάει πολύ, οι ανεμόμυλοι ήταν πολύ διαδεδομένοι.
